在構想書中，原本的研究問題有三項：
- 國內的出版業中，書後索引的編製過程，編製工作中參與角色，與索引編製的模式為何？
- 在書後索引編製過程中，參與者間溝通、參考、分享哪些資訊？其形式、特性與目的為何？
- 不同出版類型間(翻譯書、自製書、工具書、專業學術專書、教科書)的書後索引編製程序是否有差異，其差異為何？
隨著研究的進行，產生了另一個研究的問題：
- 索引編製者，在索引款目的製作過程中，在款目的建構上，有什麼樣的模式或策略？
第二組研究問題與第一組研究問題的關係，是因為試圖了解索引編製者在知識處理模式上的差別。因為在第一組研究問題的研究過程中，研究者發現有書籍本身的格式與類型，會導致書後索引編製工作上的差異。此一差異雖與格式有關，但是出版物的格式並非導致此一差異的原因。在第一組研究的結論中，研究者認為此一差異是起源於知識處理模式的不同。但是，這兩種不同的模式中，索引編製者的處理模式仍然不明確，因此研究者另外在設計一組研究，針對索引編製者的主題處理技巧，進行探究。
研究問題本身的限制
以上研究問題的說明，是正面的表列研究問題。但是在研究的展開過程中，實際上運作的，有許多是負面表列的研究問題。即，在研究的過程中，隨著對研究主題的了解，研究者透過不斷的發現，並加以排除某些研究問題。研究者透過這種方法，一步一步的縮小研究範圍，距焦在更具體的研究問題上。
更具體，另一種說法，即研究結果所能回答的問題更受到限制了。此一研究限制不是因為研究方法上的限制，而是，在提出在研究問題上，對研究結果所劃下的限制。這個限制，可以用一種語句形式來表達，即「此研究並不企圖回答某某問題」。這些問題之所以在本研究進行中放棄，並不完全是因為沒有研究價值或是研究意義，而是受限於實際研究進行規模與可行性的考量，不得不聚焦於上一節所列之研究問題中。這些導因於研究問題本身的研究限制，一方面說明本研究結果並不欲，亦不能推論到以下的問題範疇。但是以下這些問題有可能將來作為進一步後續研究探討的範圍。
- 指導性問題。如：最佳的書後索引編製程序為何？
- 索引品質與評估性問題。如：評估書後索引編製的標準為何？專業與非專業索引編製者間差異為何？索引者間編製的差異為何？
- 使用性問題。如：不同書後索引編製模式對讀者的書籍資訊檢索效益？。
- 學科差異問題。如：不同學科間的書後索引編製工作、程序、參與者等要素是否有其差異？
對書後索引的認識現況問題。即不同人對書後索引所認識的形象或地位為何？如：(1) 使用者對書後索引的認識現況；(2) 國內出版產業工作者對於書後索引的認識現況；(3) 專業資訊工作者(專業索引者)對於書後索引的認識現況；(4) 國內閱讀使用者對於書後索引的使用情形；(5)使用者、產業工作者、與專業工作者對於書後索引認識的差異。
- 國內出版產業對於書後索引製作現況的整體計量描述。
- 管理性問題：書後索引編製的成本
除導因於研究問題的研究限制外，另有研究方法上導致的研究限制，即方法論本身的研究限制。這部分將於第三章研究方法中進一步說明。